Wraz z początkiem 2013 r. faktury, dokumentujące zawarte transakcje, mogą wystawiać nie tylko rozliczający podatek VAT, ale również korzystający ze zwolnienia. Jednakże ustawodawca wyszczególnił dodatkowe wytyczne, które należy spełnić. Ponadto od 01 stycznia 2013 r. zmianie uległo rozporządzenie Ministra Finansów dotyczące między innymi sposobu wystawiania faktur. Obecnie prawidłową nazwą tych dokumentów jest po prostu „faktura”, zatem nie trzeba już używać zwrotu „faktura VAT”, chociaż i ta wersja jest nadal akceptowana.
Ustawodawca zredagował również na nowo zakres informacji, jaki na fakturze powinien się znaleźć, jak również określił (w niektórych przypadkach) nowy termin ich wystawiania tudzież też nowe informacje, które na fakturach dokumentujących dane transakcje muszą się znaleźć.
Zmieniono także zakres podmiotów uprawnionych do wystawiania faktur. Mianowicie zachowana została zasada ogólna, zgodnie z którą faktury są wystawiane przez podatników VAT czynnych, a więc podatników, którzy rozliczają podatek VAT. Od początku bieżącego roku jednakowoż do ich wystawiania zostali także uprawnieni podatnicy korzystający ze zwolnienia (w myśl §4 ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie m.in. wystawiania faktur). Co istotne, nie jest tutaj ważne, czy podmiot korzysta ze zwolnienia przedmiotowego ( z uwagi na rodzaj wykonywanych czynności), czy zwolnienia podmiotowego (z uwagi na obroty).
Jednak aby podatnik korzystający ze zwolnienia mógł wystawić fakturę, musi być zarejestrowany jako podatnik VAT zwolniony. Należy przypomnieć, że kwestia rejestracji na potrzeby podatku VAT regulowana jest art. 96 ustawy o VAT. I tym sposobem podmioty będące podatnikami według ustawy są zobowiązane przed dniem wykonania pierwszej czynności opodatkowanej, do złożenia naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenia rejestracyjnego. Niemniej jednak podatnicy zwolnieni z podatku VAT na podstawie art. 113 ust. 1 i 9 ustawy (zwolnienie podmiotowe) lub wykonujący czynności zwolnione od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 i art. 82 ust. 3 (dotyczy zwolnień przedmiotowych), mająmożliwość złożenia zgłoszenia rejestracyjnego.
Oznacza to tyle, że wobec podatników VAT korzystających ze zwolnień, rejestracja jest dobrowolna. W ich sytuacji naczelnik urzędu skarbowego rejestruje podatnika jako „podatnika VAT zwolnionego”.
Stosownego zgłoszenia rejestracyjnego dokonuje się na formularzu VAT-R (wypełniają go zarówno podatnicy czynni jak też zwolnieni, którzy chcą się poddać rejestracji).
Z powodu jednoznacznego wskazania w rozporządzeniu w sprawie wystawiania faktur,że faktury mogą wystawiać zarejestrowani podatnicy – zwolnieni, rejestracja ta jest konieczna, aby mogli oni wystawiać faktury od tego roku. Wraz z brakiem rejestracji idzie w parze brak prawa do wystawiania faktur. Należy pamiętać, że prawo do wystawiania tychże dokumentów mają również podatnicy, którzy dotychczas byli zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, lecz powrócili do zwolnienia podmiotowego bądź też zgłosili, że będą wykonywali tylko czynności zwolnione od podatku. Zgodnie z art. 96 ust. 10 ustawy o VAT pozostają oni w rejestrze jako podatnicy VAT zwolnieni.
Jeśli zaś zarejestrowany podatnik zwolniony, zechce wystawiać faktury, w myśl §5 ust. 2 pkt 6 rozporządzenia w sprawie wystawiania faktur, na dokumentach tych musi uwzględnić wskazanie:
a) przepisu ustawy lub aktu wydanego na podstawie ustawy, według którego ów podatnik stosuje zwolnienie od podatku,
b) przepisu dyrektywy, który adekwatnie zwalnia od podatku taką dostawę towarów lub takie świadczenie usług, albo
c) innej podstawy prawnej wskazującej na dostawę towarów lub świadczenie usług objęte zwolnieniem od podatku.
