Podatnik powinien otrzymać postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT przed upływem tego terminu. Sprawa komplikuje się w przypadku e-postanowień, które przekazywane są przez internet. Niektóre organy podatkowe twierdzą, że wystarczy przesłać na adres elektroniczny adresata zawiadomienie o możliwości odbioru pisma przed upływem terminu. Jednak nie wszystkie sądy administracyjne są jednomyślne w tej kwestii.
Jeżeli w danym okresie rozliczeniowym wystąpi nadwyżka naliczonego podatku VAT nad należnym, podatnik ma prawo wystąpić o jej zwrot na swój rachunek bankowy bądź rachunek prowadzony w SKOK-u.
Przed przekazaniem pieniędzy organy podatkowe mają prawo zbadać zasadność zwrotu podatku. Dany urząd skarbowy przez określone czynności może w tym kierunku przeprowadzić kontrolę lub postępowanie podatkowe, z kolei urząd celno-skarbowy – kontrolę celno-skarbową. Taka weryfikacja może trwać na tyle długo, jak będzie to konieczne. Również po upływie ustawowego terminu dokonania zwrotu.
Przedłużenie terminu zwrotu podatku powinno być stosowane wyłącznie w sytuacjach potrzeby ochrony interesów budżetowych państwa. Wówczas urzędnicy muszą wyjaśnić w sposób jasny i wyczerpujący powody kontroli. Powinni wyjaśnić przyczyny wątpliwości, które wystąpiły, a także wskazać jakie w czynności zostały podjęte w celu przeprowadzenia danej kontroli.
Należy pamiętać o tym, że przedłużyć można tylko termin, który nie minął oraz że nie wystarczy jedynie wydać postanowienia o przedłużeniu zwrotu podatku przez organ. Postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu podatku wywołuje skutki prawne, tylko wtedy, gdy zostanie ono doręczone podatnikowi przed upływem tego terminu.
W sytuacji e-postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku organ podatkowy przesyła na adres elektroniczny adresata zawiadomienie wraz z adresem elektronicznym, z którego można pobrać dokument, a także pouczeniem sposobu jego odbioru. Dostęp do dokumentu i jego treści otrzymuje się po kliknięciu w podany link i podpisaniu urzędowego poświadczenia jego odbioru. Gdy w ciągu 7 dni od wysłania zawiadomienia pismo nie zostanie odebrane, organ podatkowy przekazuje powtórne zawiadomienie. Dokument, który nie zostanie odebrany po upływie 14 dni od dnia przesłania pierwszego zawiadomienia uznaje się za dokument doręczony.
Przedłużenie terminu zwrotu podatku do czasu zakończenia postępowania następuje w formie postanowienia wydanego przez naczelnika urzędu skarbowego.
